La historia de la propiedad donde se encuentra Michelangelo es tan antigua como la de la ciudad fundada por Juan de Garay en 1580. Estaba compuesta por dos lotes que llegaban hasta los barrancos del Río de la Plata. El terreno pasó a manos de los frailes dominicos alrededor de 1608. La parroquia de Santo Domingo, cuya entrada se encuentra en la avenida Belgrano, formaba parte de esa propiedad.
Posteriormente, en ese lugar funcionaba la llamada «Casa de la Real Sede de los Ingleses», donde operaban traficantes de esclavos de esa nacionalidad. Luego, en 1784, funcionó la antigua aduana o «Santo Domingo», así llamada por su proximidad a la iglesia. Durante las invasiones inglesas de 1806, los soldados heridos eran atendidos por los frailes en la botica del predio, y los fallecidos eran enterrados en el pequeño cementerio que estaba junto al huerto de la congregación, donde hoy se encuentra el pasaje 5 de Julio.
Más recientemente, el arquitecto inglés Edward Taylor construyó la nueva aduana, que lleva su apellido, en el barranco detrás del fuerte. Comenzó su construcción en 1857 y fue inaugurada en 1885; hoy en día es Michelangelo. En ese momento, la propiedad correspondía a la familia Huergo. Así fue como construyeron el edificio, casi como lo vemos hoy: primero sirvió como almacén y, más tarde, como destilería. La fachada, en aquel entonces, daba a la calle 5 de julio. Aún se conserva la imponente puerta de madera, elevada respecto al nivel de la calle Balcarce. También se plantea una teoría: se dice que muchos cuerpos fueron devueltos a Inglaterra, pero algunos huesos aún permanecieron aquí.
Durante las excavaciones realizadas por el arqueólogo Daniel Schavelzon y su equipo, se encontraron 609 objetos, entre ellos restos orgánicos, piezas para el disparo de armas de fuego, llaves, cubiertos, botellas de vino y perfume, jeringas y frascos de medicinas, probablemente dejados allí desde entonces. Muchos de estos objetos están actualmente expuestos en el restaurante del edificio, convirtiéndolo en un destacado sitio arqueológico.
Este hecho fue reconocido por la Legislatura de Buenos Aires en su reapertura como un acontecimiento histórico.
El edificio experimentó varios cambios a lo largo del siglo XX, hasta que la historia de Michelangelo comenzó en 1967 como un emblema de identidad con su logotipo de los tres anillos, que se ha mantenido inalterado.
